python-igraph 小试牛刀

文章由Byrx.net分享于2019-03-22 02:03:35评论（467）

python-igraph 小试牛刀



	1.首先明确igraph能做什么，为何使用。
	2.安装。
	3.测试。

	Installing collected packages: python-igraph
	Running setup.py install for python-igraph
	Successfully installed python-igraph-0.7.1-4
	vonzhou@CHOWN:~$ python
	Python 2.7.3 (default, Dec 18 2014, 19:03:52)
	[GCC 4.6.3] on linux2
	Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
	>>> import igraph
	Traceback (most recent call last):
	File "", line 1, in
	ImportError: No module named igraph

	主要是igraph安装在了其他版本下面，SO下面这样。
	vonzhou@CHOWN:~$ python3
	Python 3.2.3 (default, Feb 27 2014, 21:33:50)
	[GCC 4.6.3] on linux2
	Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
	>>> igraph

	>>> from igraph import *
	>>> g=Graph(1)
	>>> g

	>>> print(g)
	IGRAPH U--- 1 0 --
	>>> g.add_vertices(2)
	>>> print(g)
	IGRAPH U--- 3 0 --
	>>> g.add_edges([(0,1),(1,2)])
	>>> print(g)
	IGRAPH U--- 3 2 --
	+ edges:
	0--1 1--2
	>>> f=open("test.net","w")
	>>> g.write_pajek(f)
	>>>

	所以一个简单的Pajek .net file 就生成了，下一步就是编码从数据库中取出对应的数据，然后构造成Graph，继而得到最终可供分析的文件，比较简单。


	1.安装mysql：sudo apt-get install mysql-server;
	登录：mysql -uroot -p
	2.导入已有数据：source ,静静等候导入完成；
	3.导入完成后，明确表结构：
	show tables;
	desc tablename;

	4.下面在python程序中进行具体的业务处理。
	(1)从数据库把需要的数据导出到文件中;
	（2）具体由数据生成Graph，从而可以得到我们需要的Pajek .net文件。这里面的难点在于：不能以ID的最大值作为vertex的数目，构造Graph，因为值太大，所以只能用ID作为vertex的“name”属性，但是 add edge的时候又需要具体的vertex id所以需要我们自己使用一个字典保存二者之间的映射关系;
	（3）慢慢等待，毕竟是30M的文件，有1391718行（通过wc -l file命令）;
	5.得到.net file 之后，用Pajek工具导入，可以看到网络图，进行自己需要的分析。

	代码在这里。


	参考：
	1.Tutorial — python-igraph v0.6 documentation

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