【python】内存调试,python调试,全文拷贝自:http


全文拷贝自:http://blog.csdn.net/BaishanCloud/article/details/76422782

问题定位过程解读


gdb-python:搞清楚python程序在做什么
首先确定python在做什么,是否有大内存消耗任务正在运行,或出现死锁等异常行为。

从gdb-7开始,gdb支持用python实现gdb扩展,可以像调试c程序一样,用gdb对python程序检查线程、调用栈等;且可同时打印python代码和内部c代码的调用栈。

这对于定位是python代码问题还是其底层c代码问题,有很大帮助。

准备gdb
首先安装python的debuginfo:
 # debuginfo-install python-2.7.5-39.el7_2.x86_64

如果缺少debuginfo,当运行后续步骤时,gdb会提示,按提示安装完成即可:

Missing separate debuginfos, use: debuginfo-install python-2.7.5-39.el7_2.x86_64
接入gdb
可直接用gdb attach到1个python进程,查看其运行状态:
# gdb python 11122

attach之后进入gdb,基本检查步骤如下:

查看线程
(gdb) info threads  Id   Target Id         Frame  206  Thread 0x7febdbfe3700 (LWP 124916) "python2" 0x00007febe9b75413 in select () at ../sysdeps/unix/syscall-template.S:81  205  Thread 0x7febdb7e2700 (LWP 124917) "python2" 0x00007febe9b75413 in select () at ../sysdeps/unix/syscall-template.S:81  204  Thread 0x7febdafe1700 (LWP 124918) "python2" 0x00007febe9b75413 in select () at ../sysdeps/unix/syscall-template.S:81  203  Thread 0x7febda7e0700 (LWP 124919) "python2" 0x00007febe9b7369d in poll () at ../sysdeps/unix/syscall-template.S:81

一般加锁、死锁情况存在时,会有线程卡在xx_wait等函数上。

之前用该方法定位了1个python-logging模块引起的死锁问题:
在多线程进程中运行fork,导致logging的锁被锁住后fork到新进程、但解锁线程没有fork到新进程而导致死锁。。

查看调用栈
如果发现某线程有问题,切换到此线程上,查看调用栈确定具体执行步骤,使用bt 命令:
(gdb) bt#16 0x00007febea8500bd in PyEval_EvalCodeEx (co=<optimized out>, globals=<optimized out>, [email protected]=0x0, args=<optimized out>, [email protected]=1, kws=0x38aa668, kwcount=2, defs=0x3282a88, defcount=2, [email protected]=0x0) at /usr/src/debug/Python-2.7.5/Python/ceval.c:3330...#19 PyEval_EvalFrameEx ([email protected]=Frame 0x38aa4d0, for file t.py, line 647, in run (part_num=2, consumer=<...

bt 命令不仅可以看到c的调用栈,还会显示python源码的调用栈。 上图中,frame-16是c的调用栈,frame-19显示python源代码的所在行。

如果只查看python代码的调用栈,则使用py-bt命令:

(gdb) py-bt#1 <built-in method poll of select.epoll object at remote 0x7febeacc5930>#3 Frame 0x3952450, for file /usr/lib64/python2.7/site-packages/twisted/internet/epollreactor.py, line 379, in doPoll(self=<... l = self._poller.poll(timeout, len(self._selectables))#7 Frame 0x39502a0, for file /usr/lib64/python2.7/site-packages/twisted/internet/base.py, line 1204, in mainLoop (self=<...

py-bt显示python源码的调用栈、调用参数以及所在行的代码。

coredump
如果要进行长时间跟踪,最好 coredump下python程序的全部进程信息,之后再分析core文件,避免影响正在运行的程序。
(gdb) generate-core-file

这条命令将当前gdb attach的程序dump到其运行目录,命名为core.,然后使用gdb 加载该core文件,进行打印堆栈、查看变量等分析,无需attach到正在运行的程序:

# gdb python core.<pid>

其他命令
其他命令可以在gdb输入py 查看,与gdb的命令对应,例如:
(gdb) pypy-bt               py-list             py-print            pythonpy-down             py-locals           py-up               python-interactive

-py-up、py-down 可移动到python调用栈的上一个或下一个frame;
-py-locals 用来打印局部变量……
gdb中也可用help命令查看帮助:

(gdb) help py-printLook up the given python variable name, and print it

在这次追踪过程中,用gdb-python排除了程序逻辑问题。接下来继续追踪内存泄漏问题。

pyrasite: 连接进入python程序

pyrasite可以直接连上一个正在运行的python程序,打开一个类似ipython的交互终端来运行命令、检查程序状态。

这为调试提供了极大的方便。
安装:

# pip install pyrasite...# pip show pyrasiteName: pyrasiteVersion: 2.0Summary: Inject code into a running Python processHome-page: http://pyrasite.comAuthor: Luke Macken...

连接到有问题的python程序,开始收集信息:

pyrasite-shell <pid>>>>

接下来就可以在进程里调用任意python代码,查看进程状态。

psutil 查看python进程状态

pip install psutil

首先查看python进程占用的系统内存RSS:

pyrasite-shell 11122>>> import psutil, os>>> psutil.Process(os.getpid()).memory_info().rss 29095232

基本与ps命令显示结果一致:

rss the real memory (resident set) size of the process (in 1024 byte units)

guppy 获取内存使用的各种对象占用情况
guppy 可以打印各种对象所占空间大小,如果python进程中有未释放的对象,造成内存占用升高,可通过guppy查看。

同样,以下步骤是通过pyrasite-shell,attach到目标进程后操作的。
# pip install guppyfrom guppy import hpyh = hpy()h.heap()# Partition of a set of 48477 objects. Total size = 3265516 bytes.#  Index  Count   %     Size   % Cumulative  % Kind (class / dict of class)#      0  25773  53  1612820  49   1612820  49 str#      1  11699  24   483960  15   2096780  64 tuple#      2    174   0   241584   7   2338364  72 dict of module#      3   3478   7   222592   7   2560956  78 types.CodeType#      4   3296   7   184576   6   2745532  84 function#      5    401   1   175112   5   2920644  89 dict of class#      6    108   0    81888   3   3002532  92 dict (no owner)#      7    114   0    79632   2   3082164  94 dict of type#      8    117   0    51336   2   3133500  96 type#      9    667   1    24012   1   3157512  97 __builtin__.wrapper_descriptor# <76 more rows. Type e.g. ‘_.more‘ to view.>h.iso(1,[],{})# Partition of a set of 3 objects. Total size = 176 bytes.#  Index  Count   %     Size   % Cumulative  % Kind (class / dict of class)#      0      1  33      136  77       136  77 dict (no owner)#      1      1  33       28  16       164  93 list#      2      1  33       12   7       176 100 int

通过以上步骤可排除python进程中存在未释放的对象的可能。

无法回收的对象

python本身带有垃圾回收,但同时满足以下2个条件时,python程序中个别对象则无法被回收(uncollectable object) :
- 循环引用
- 循环引用链上某对象定义了del方法

官方解释是:循环引用的一组对象被gc模块识别为可回收,但需先调用每个对象上的del才可被回收。当用户自定义了del的对象,gc系统无法判断应先调用环上的哪个del,因此无法回收这类对象。

不能回收的python对象会持续占据内存,因此,我们推测有不能被回收的对象导致了内存持续升高。

最终确定不是由这种问题引起的内存无法释放。不能回收的对象仍可通过gc.get_objects() 列出,并会在gc.collect()调用后加入gc.garbage的list里。但目前尚未发现这类对象的存在。
查找uncollectable的对象:

pyrasite-shell 11122>>> import gc>>> gc.collect() # first run gc, find out uncollectable object and put them in gc.garbage                    # output number of object collected>>> gc.garbage   # print all uncollectable objects[]                 # empty

如果打印出任何不能回收的对象,则需进一步查找,确定循环引用链上哪个对象包含del方法。

下面应用1个例子来演示如何生成不能回收的对象:

from __future__ import print_functionimport gc‘‘‘This snippet shows how to create a uncollectible object:It is an object in a cycle reference chain, in which there is an objectwith __del__ defined.The simpliest is an object that refers to itself and with a __del__ defined.    > python uncollectible.py    ======= collectible object =======    *** init,     nr of referrers: 4                  garbage:         []                  created:         collectible: <__main__.One object at 0x102c01090>                  nr of referrers: 5                  delete:    *** __del__ called    *** after gc, nr of referrers: 4                     garbage:         []    ======= uncollectible object =======    *** init,     nr of referrers: 4                  garbage:         []                  created:         uncollectible: <__main__.One object at 0x102c01110>                  nr of referrers: 5                  delete:    *** after gc, nr of referrers: 5                  garbage:         [<__main__.One object at 0x102c01110>]‘‘‘def dd(*msg):    for m in msg:        print(m, end=‘‘)    print()class One(object):    def __init__(self, collectible):        if collectible:            self.typ = ‘collectible‘        else:            self.typ = ‘uncollectible‘            # Make a reference to it self, to form a reference cycle.            # A reference cycle with __del__, makes it uncollectible.            self.me = self    def __del__(self):        dd(‘*** __del__ called‘)def test_it(collectible):    dd()    dd(‘======= ‘, (‘collectible‘ if collectible else ‘uncollectible‘), ‘ object =======‘)    dd()    gc.collect()    dd(‘*** init,     nr of referrers: ‘, len(gc.get_referrers(One)))    dd(‘              garbage:         ‘, gc.garbage)    one = One(collectible)    dd(‘              created:         ‘, one.typ, ‘: ‘, one)    dd(‘              nr of referrers: ‘, len(gc.get_referrers(One)))    dd(‘              delete:‘)    del one    gc.collect()    dd(‘*** after gc, nr of referrers: ‘, len(gc.get_referrers(One)))    dd(‘              garbage:         ‘, gc.garbage)if __name__ == "__main__":    test_it(collectible=True)    test_it(collectible=False)

上面这段代码创建了2个对象:1个可回收、1个不可回收,它们都定义了del方法,唯一区别在于是否引用了自己(从而构成了引用环)。

如果在这个步骤发现了循环引用,则需进一步查出具体哪些引用关系造成了循环,进而破坏循环引用,最终让对象可回收。

objgraph 查找循环引用

# pip install objgraphpyrasite-shell 11122>>> import objgraph>>> objgraph.show_refs([an_object], filename=‘sample-graph.png‘)

以上例子中,将在本地生成一个图片,描述可以由an_object引用到的关系图:

技术分享图片

在这一步我们仍未找到不能回收的对象,排除一切原因后我们推测libc的malloc实现问题。使用tcmalloc替代libc默认的malloc后问题最终得到修复。

【python】内存调试

评论关闭